1420 wird erstmals urkundlich von einer kleinen Kapelle in Netstal berichtet. Alt Landammann Mathias Netstaller liess diese Kapelle bauen. Sie wurde 1421 zu Ehren der drei Hl. Könige geweiht. Aus dem Jahr 1420 stammt auch die älteste, mit einer Jahrzahl versehenen Glocke im Glarnerland. Sie hängt im Nordturm der heutigen Pfarrkirche.

Obwohl nach der Reformation die katholische Bevölkerung auf einen Drittel zurückging, 1704 zählte katholisch Netstal höchstens 200 Personen, ging man daran eine neue Kapelle zu bauen. Diese wurde am 10. Oktober 1708 vom Weihbischof von Konstanz, Konrad Ferdinand den drei Hl. Königen geweiht.

Die heutige Kirche mit ihren zwei wuchtigen Türmen wurde nach den Plänen des Kirchenbaumeisters Otto Linder aus Stuttgart 1933?35 gebaut und durch Bischof Laurenzius eingeweiht. Die dem Betonbau vorgehängte Natursteinfassade ist aus hiesigen Steinbrüchen gehauen. Das Geläut im Südturm besteht aus fünf Glocken, wobei die kleinste noch aus der Vorgängerkirche stammt. 1991?1992 wurde die Kirche einer sanften Renovation unterzogen und mit einer neuen Mathis-Orgel ausgestattet.