1420 wird erstmals urkundlich von einer kleinen Kapelle in Netstal berichtet. Alt Landammann Mathias Netstaller liess diese Kapelle bauen. Sie wurde 1421 zu Ehren der drei Hl. Könige geweiht. Aus dem Jahr 1420 stammt auch die älteste, mit einer Jahrzahl versehenen Glocke im Glarnerland. Sie hängt im Nordturm der heutigen Pfarrkirche.

Der Brand von Glarus beschleunigte die längst erwünschte Loslösung aus der kath. Kirchgemeinde Glarus. Per Dekret vom 8. Dezember 1875 hiess Bischof Nicolaus Florentini in Chur die Trennung zwischen Glarus und Netstal gut. Damit war die Erhebung der Kapelle zur Pfarrkirche vollzogen. Die katholische Kirchgemeinde Netstal war gegründet.